Když se vášeň pro data setká s mikroskopem aneb Rozhovor s data scientistou a parazitologem Petrem Soukalem

Petr Soukal u nás pracuje jako data scientista, kromě světa dat ho ale také fascinuje parazitologie. V rozhovoru nám prozradil, jak se k ní dostal, co ho na parazitech nejvíce fascinuje, a také třeba to, proč by si měli mravenci dávat pozor na motolici kopinatou 🙂.

biologie

1. Ahoj Petře, jak ses k parazitologii vlastně dostal a co máš na ní nejraději?

 

            Oklikou. Už od malička mě fascinovala čísla, příroda a sběr dat. Po gymnasiu jsem si vybral fyziku, což byl dle mého soudu nejjednodušší obor (matematika mi přišla moc abstraktní). Během magisterského studia jaderné a částicové fyziky jsem si pak řekl, proč přece jen nezkusit biologii. Parazitologie vypadala jako nejkomplexnější obor – parazitolog musí totiž znát nejen ekologii, tedy jak žijí jednotliví hostitelé parazitů, ale také třeba biochemii hostitelů. A tak jsem se nakonec pro ni.

            A co mě na ní nejvíce fascinuje? Řekl bych, že to jsou životní cykly některých parazitů, jako jsou třeba tasemnice, škrkavky, ale také pijavky, komáři či krevsající motýli. Ale také schopnost ovládat své hostitele. Například motolice kopinatá (Dicrocoelium dendriticum) ovládá mravence tak, aby byli spaseni ovcí. Na parazitologii také trochu navazuje forenzní entomologie, tedy určování doby smrti na základě složení hmyzí a roztočí fauny na rozkládajícím se těle.

 

2. Vypadá to, že jsi v parazitologii skutečně profík. Jak často a pravidelně se jí věnuješ?

 

            To je trochu zvláštní otázka 🙂. Většinou se k parazitům dostanu spíš náhodou; třeba nedávno mi kamarádka přinesla veš dětskou (Pediculus capitis), kterou jsem sháněl několik let, abych z ní mohl udělat trvalý preparát na mikroskopování. Pak jsem asi před třemi lety dostal k Vánocům živou tasemnici psí (Dypilidium caninum), která měla přes půl metru, nicméně po několika hodinách od opuštění hostitele zemřela. Jinak od jara do podzimu sbírám hmyz, zejména ten dvoukřídlý, který má parazitických zástupců nejvíce – muchničky (Simuliidae), tiplíky (Ceratopogonidae), mouchy tse-tse (Glossina), kloši (Hippoboscoidea), muchule (Nycteriibidae, Streblidae) a komáři (Culicidae) –, ale také blechy (Siphonaptera) i další ektoparazity. U endoparazitů je to horší – člověk musí najít čerstvou mrtvolu, pitvat a doufat.

 

3. A co děláš v Profinitu? Jak dlouho u nás pracuješ?

 

            V Profinitu jsem 14 měsíců. Aktuálně dělám na projekech pro jednu velkou farmaceutickou společnost, kde pracuji na ingestech dat. Během studia fyziky i parazitologie jsem analyzoval velká množství dat, ať už z detektorů částic v urychlovačích či genomy a transkriptomy různých skupin organismů. A tak jsem se učil programovat „ve velkém“ – nejprve to bylo C++, později Python, pak R a LaTeX. A tak jsem se dostal až do Profinitu.

 

4. Kolegové říkali, že si děláš doktorát a věnuješ se výuce mikroskopování, je to tak?

 

            Doktorát jsem úspěšně dokončil asi před dvěma měsíci. V rámci studia parazitologie jsem se zabýval evolucí plastidů u krásnooček. Poměrně dlouhou dobu jsem se věnoval determinaci prvoků a řas, kterou jsem také učil na Přírodovědecké fakultě.

            Co se týče mikroskopování, tak to učím pro školy na smíchovské Stanici přírodovědců. Mnoho škol totiž nemá (kvalitní) mikroskopy, a tak část výuky absolvují u nás. Program je primárně určen pro děti z šestého až devátého ročníku, ale také pro středoškolské studenty. Náplň výuky je obvykle spíše biologická – pozorujeme živé organismy (prvoky, řasy, roztoče, …) a trvalé preparáty (blechy, tasemnice, …), ale někdy pozorujeme i Brownův pohyb. Děti ale nejvíc baví pozorovat nebezpečné věci – trichomy kopřiv, sosáky komárů či klíšťat anebo žihadla vos a včel. Během osmi let jsem poznal i několik výjimečně nadaných dětí. Samotná výuka má dvě fáze: během první se dětí seznámí s mikroskopem a jeho fungováním, ve druhé pak pozorujeme různé vzorky, v závislosti na přání paní učitelky. Dříve jsme pozorovali prvoky z kultur (měňavky, nálevníky a krásnoočka), ale více se mi osvědčily vzorky přímo z přírody – z lesních tůněk, bahnitých kaluží nebo hnoje. Kdyby byl zájem, můžu domluvit mikroskopování i pro Profiniťáky 🙂.

 

5. Děkujeme za rozhovor!


 

hlavička tasemnice pod mikroskopem

Scolex (lidově „hlavička“) tasemnice dlouhočlenné (Taenia solium), která jako dospělec parazituje v lidském střevě a její larvální stádia nacházíme převážně ve svalovině prasat, ale i mozku lidí – tato neurocysticerkóza má vysokou prevalenci (= často se vyskytuje) např. v Mexiku. V České republice se vyskytuje vzácně a zřejmě posledním Čechem, který se jí nakazil, byl Jan Werich. Jeho tasemnice (dlouhá několik málo metrů) je uložena ve sbírkách Katedry parazitologie PŘF UK.

Foto: Petr Soukal

blecha pod mikroskopem

„To jsou blechy psí, ty na člověka nejdou“, říká Josef Kemr ve známém českém filmu. Blecha psí (Ctenocephalides canis) z obrázku (zvětšení 40x), stejně jako jí velmi podobná blecha kočičí (Ctenocephalides felis) na člověka jdou, ale jen neochotně – na rozdíl od blechy lidské (Pulex irritans), kterou najdeme také na prasatech (Sus scrofa). Jeden český parazitolog na sobě nechal sát všechny tři druhy a jako jednoznačně nejbolestivější označil bodnutí blechou kočičí, a naopak nejpříjemnější bylo bodnutí blechou lidskou. „Zuby“ (přesněji chitinové hřebínky), které má blecha pod okem a za hlavou, slouží blechám k udržení se v srsti hostitele a parazitologům k jejich determinaci (blecha lidská žádné „zuby“ nemá).

Foto: Petr Soukal